Ως προς τον προσδιορισμό της τοποθεσίας της, οι γνώμες των αρχαιολόγων είναι διχασμένες. Άλλοι την τοποθετούν στον Αετό κι άλλοι στην Βόρειο Ιθάκη στο τρίγωνο που σχηματίζουν τα χωριά Σταυρός, Εξωγή και Πλατρειθιάς με επίκεντρο την τοποθεσία Πηλικάτα, που είναι το μοναδικό σημείο στην Ιθάκη, απ’ όπου φαίνονται τρείς θάλασσες. Ο Όμηρος αναφέρει ότι από το Άστυ του Οδυσσέα φαινόταν τρείς θάλασσες! Δηλαδή κοιτώντας προς τρία διαφορετικά σημεία του ορίζοντα, έβλεπες θάλασσα. Εξωγή: Σχολή Ομήρου.

Η δεύτερη άποψη, που είναι και η επικρατέστερη για το Άστυ του Οδυσσέα, είναι η άποψη που πρώτος εξέφρασε ο Άγγλος Leake, του οποίου την προσοχή απέσπασε η ονομασία του λιμανιού της Πόλης. Σε διάφορες ανασκαφές στην περιοχή αυτή ανακαλύφθηκαν Μυκηναϊκά ευρήματα. Στην Πόλη υπάρχει η ονομαζόμενη “Σπηλιά του Λύκου” (από το όνομα του ιδιοκτήτη του κτήματος), όπου επίσης βρέθηκαν αρχαία αντικείμενα και κάποιοι αρχαιολόγοι θεώρησαν, ότι το σπήλαιο αυτό, είναι το Ομηρικό “Σπήλαιο των Νυμφών”.

Άλλη πόλη της Ιθάκης, όπως αναφέρουν αρχαίοι συγγραφείς ήταν οι Αλαλκομενές στον Αετό. Κι εδώ οι γνώμες διχάζονται. Άλλοι θεωρούν ότι η πόλη υπήρχε από την εποχή του Οδυσσέως κι άλλοι πως είναι μεταγενέστερη. Κτίσθηκε δηλαδή τον 8ο π.Χ. αιώνα. Η ύπαρξη της πόλης Αλαλκομενές αναφέρεται από τον Πλούταρχο και τον Στράβωνα. Κατά πολλούς συγγραφείς το όνομα της πόλης Αλαλκομενές οφείλεται στο ότι ο Οδυσσέας γεννήθηκε στις Αλαλκομενές της Βοιωτίας κι έδωσε το όνομα της γενέτειράς του σ’ αυτή την πόλη της Ιθάκης. Όμως η πληροφορία αυτή, φαίνεται απίθανη.

Ανωγή: Γεωλογικά μενίρ. Ο Στέφανος Βυζάντιος αναφέρει και την πόλη Κύναιθα. αλλά δεν υπάρχουν πληροφορίες γι’ αυτήν. Ο Πτολεμαίος και ο Σκύλαξ αναφέρουν πόλη ονομαζόμενη Ιθάκη δεν είναι όμως γνωστό αν αναφέρονται στην Ομηρική πόλη ή σε μεταγενέστερη, επειδή δεν δίνουν άλλα στοιχεία.

Νεώτερες Πόλεις και Χωριά

Πρώτη αναφέρεται η πόλη που έχει το όνομα Ιερουσαλήμ την οποία αναφέρει η Άννα η Κομνηνή στο έργο της Αλεξιάς το 1089 και τοποθετείται στην σημερινή τοποθεσία Ρουσάνος, νοτιοδυτικά του βουνού της Εξωγής, όπου ανακαλύφθηκαν και τάφοι των Χριστιανικών χρόνων.

Βόρεια από το χωριό Περαχώρι υπήρχε η πόλη Κουκουβάτα, από την οποία σώζονται ερείπια σπιτιών μέχρι σήμερα. Ο οικισμός αυτός είναι γνωστός ως Παληοχώρα. Προφανώς το όνομα αυτό δόθηκε από τους μεταγενέστερους κατοίκους της, οι οποίοι μετά την εξάλειψη της πειρατείας, την εγκατέλειψαν κι ίδρυσαν γύρω στο 1700 το σημερινό Βαθύ.
Κάστρο στις Φρίκιες.

Ο Στέφανος Βυζάντιος καταγράφει συνοικισμό Κορακοστέφανο, οι κάτοικοί του λέγινταν Κορακοπετραίοι. Η τοποθεσία αυτή σχετίζεται με την Κόρακος Πέτρα, που αναφέρει ο ό μηρος στην Οδύσσεια και υπήρξε στον Κάλαμο. Κόρακος Πέτρα που μοιάζει με την περιγραφή του Ομήρου υπάρχει επίσης και στην περιοχή Πέρα Πηγάδι στον Μαραθιά. Ο William Gell, που περιηγήθηκε το νησί το 1805, αναφέρει ότι είδε στην περιοχή αυτή νεκροταφείο, η δε περιοχή έφερε το όνομα μνήματα. Ο Βυζάντιος αναφερόμενος στον συνοικισμό αυτό, προφανώς θα εννοεί την τοποθεσία Πέρα Πηγάδι – Μαραθιά.

Ο Bassadona αναφέρει δύο άλλους παλαιούς οικισμούς στην Ανωγή και Εξωγή. Η Εξωγή κατοικήθηκε από το 1600 και ο οικισμός αυτός ονομαζόταν τότε κατά τον Bassadona Σταυρονήκιον. Κολιερή: Πέτρινη στήλη που απεικονίζει την ανύψωση του ανθρώπινου πνεύματος. 

Άλλο χωριό που χάθηκε είναι το Μαλό, στην τοποθεσία Αγία Κυριακή όπου διασώζονται μέχρι σήμερα ερείπια σπιτιών. Στην Πλαγιά της Ανωγής υπήρχε οικισμός με το όνομα Παξινάτα, οι κάτοικοι του οποίου όταν πέρασε ο φόβος των πειρατών μετοίκησαν στο χωριό Λεύκη. Άλλος συνοικισμός που έσβησε είναι ο Άη Λιάς, στα δυτικά του κόλπου Αφάλες. Στο Σταυρό ψηλά στο βουνό Νήριτο, υπήρχε χωριό με το όνομα Μάγγανο. Στην περιφέρεια του Σταυρού υπήρχαν επίσης δύο συνοικισμοί που ονομαζόταν Ευγερέτη και Στελλάτα, οι οποίοι έχουν εγκαταλειφθεί εδώ και πολλά χρόνια.