Το ξυλόγλυπτο τέμπλο που καταστράφηκε από τους σεισμούς το 1953, μεταφέρθηκε εδώ από τον ιερό ναό της Κοιμήσεως της Θεοτόκου του Περαχωρίου και χρονολογείται από τον 17ο αιώνα. Η εκκλησία γιορτάζει την πρώτη Κυριακή του Ιουλίου. Στην θέση που βρίσκεται ο ναός βρισκόταν και το πατρικό σπίτι του Αγίου Ραφαήλ, στην τοποθεσία «Μύλοι», έξω από το χωριό Περαχώρι, όπου υπήρχε ένα αιωνόβιο δέντρο που από την παράδοση ονομαζόταν «δέντρο του Λάσκαρη». Ο ιδιοκτήτης του κτήματος παρέλαβε από πάππου προς πάππου ότι το κτήμα αυτό το είχαν αγοράσει από μια οικογένεια Λάσκαρη και ότι η οικογένεια αυτή είχε έναν πρόγονο που μαρτύρησε σε ξένη χώρα.

Τα σχετικά με την παράδοση αυτή ξεκαθαρίσθηκαν στα τέλη της δεκαετίας του ’50 – αρχές της δεκ. του ’60. Τότε, στην άλλη άκρη της Ελλάδας, στο νησί της Λέσβου συνέβησαν μια σειρά από θαυμαστά γεγονότα. Χάρη σε μια σειρά από οπτασίες, όνειρα και άλλα θαυμαστά σημεία, στον λόφο των Καρυών, έξω από το χωριό Θερμή, ήρθαν στο φως λείψανα Αγίων και ερείπια μοναστηριού. Οι ίδιοι οι Άγιοι εμφανίζονταν και έδιναν οδηγίες στους χωρικούς για τις ανασκαφές, ενώ αποκάλυπταν και λεπτομέρειες για τη ζωή και το μαρτύριό τους.

Ο ηγούμενος του μοναστηρίου ονομαζόταν Ραφαήλ. Είχε γεννηθεί στους Μύλους της Ιθάκης το 1410 και. το κοσμικό του όνομα ήταν Γεώργιος Λάσκαρης ή Λασκαρίδης. Αυτός ήταν ο απόγονος της οικογένειας Λάσκαρη που μαρτύρησε σε ξένον τόπο – όπως ήθελε η θιακή παράδοση, που προαναφέρθηκε.

Πριν γίνει. κληρικός, είχε σταδιοδρομήσει στο βυζαντινό στρατό και. έφτασε μάλιστα σε υψηλό βαθμό.

Σε ηλικία τριανταπέντε ετών γνώρισε έναν ασκητικό σεβάσμιο ηγούμενο, τον Ιωάννη, ο οποίος τον προσείλκυσε στην εν Χριστώ ζωή με το κήρυγμά του. Κάποια Χριστούγεννα κατέβηκε για να εξομολογήσει και να κοινωνήσει τους στρατιώτες κι έκανε κήρυγμα ότι υπάρχει Θεός, άγιοι, ότι η ζωή συνεχίζεται. Τότε ο αξιωματικός Γεώργιος πίστεψε με όλη του την καρδιά και όταν κατέβηκε πάλι ο γέροντας και λειτούργησε για τα Θεοφάνεια, ο Γεώργιος αποχαιρέτησε τους στρατιώτες και τον ακολούθησε. Έμειναν μαζί στο ασκητήριό του, σε μια σπηλιά, για πέντε χρόνια, χωρίς να το ξέρει κανείς. Ούτε ο πατέρας του, που είχε μείνει μόνος στον κόσμο. Ζούσαν σκληρή ζωή. Κοιμόνταν πάνω στο χώμα και για προσκέφαλο είχαν μια πέτρα. Στο σπίτι του γύρισε μόνο όταν κοιμήθηκε ο Ιωάννης, αλλά δεν μπορούσε να λησμονήσει την ασκητική ζωή.

Την ίδια εποχή χειροτονήθηκε ιερέας του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως. Χάρη στις υψηλές γραμματικές γνώσεις και τα προσόντα του, λαμβάνει σύντομα το οφφίκιο του Πρωτοσυγκέλλου. Στάλθηκε και στο Μορλαί της Γαλλίας για να

Λάβει μέρος σε θεολογικές συζητήσεις με τους Δυτικούς. Στην πόλη αυτή γνώρισε το νεαρό Νικόλαο από την Θεσσαλονίκη, που συνδέθηκε πνευματικά με τον Ραφαήλ. Επέστρεψαν μαζί στην Ελλάδα. Ο Ραφαήλ έστελνε το Νικόλαο σε διάφορες περιοχές για να κηρύττει/τον Λόγο του Θεού. Ο ίδιος επισκέφθηκε κατ” επανάληψη την Αθήνα και. κήρυξε στο μνημείο του Φιλοπάππου.

Μετά την Αλωση της Κωνσταντινούπολης (1453), ξεκίνησαν από κάποια ακτή της Αλεξανδρούπολης και. κατέφυγαν και. οι. δύο το 1454 στην ενετοκρατούμενη Λέσβο. Αποβιβάστηκαν στην παραλία της Θερμής και αναζήτησαν κάποιο μέρος για να μονάσουν. Στο χωριό γνωρίσθηκαν με τον προεστό Βασίλειο και το δάσκαλο Θεόδωρο. Εγκαταστάθηκαν στο μοναστήρι της Παναγίας των Καρυών, μαζί με άλλους μοναχούς -που ήδη εγκαταβιούσαν εκεί ή ήρθαν αργότερα.

Εννιά χρόνια αργότερα, το φθινόπωρο του 1462 οι Τούρκοι κυρίευσαν την Μυτιλήνη και ολόκληρο το νησί. Πολλοί Χριστιανοί, ταλαιπωρημένοι από την τουρκική καταπίεση, βγήκαν στα βουνά. Οι Τούρκοι υποψιάσθηκαν τότε πως είχαν για κρησφύγετο τους το μοναστήρι.

Για να καταπνίξουν την ανταρσία, οι Τούρκοι της Λέσβου κάλεσαν ενισχύσεις από την απέναντι Μικρασία. Οι χωρικοί τότε κατέφυγαν στο μοναστήρι των Καρυών.

Ο Άγιος Ραφαήλ λειτούργησε για τελευταία φορά την Μεγάλη Πέμπτη του 1463. Οι Τούρκοι τον συνέλαβαν μαζί με τους άλλους μάρτυρες την Μεγάλη Παρασκευή και τα φρικτά τους βασανιστήρια διήρκεσαν μέχρι την Λαμπροτρίτη, 9 Απριλίου 1463.

Ο Άγιος Ραφαήλ υποβλήθηκε σε πολλά βασανιστήρια.

Πρώτα τον χτύπησαν με τα ρόπαλά τους και τον έριξαν κάτω παράλυτο. Έπειτα τον κεντούσαν με τα κοντάρια τους, τον τραβούσαν από τα γένια και τον έσερναν καταγής.

Ύστερα τον έδεσαν ανάποδα σε μια καρυδιά και τον χτυπούσαν απάνθρωπα επί ένα εικοσιτετράωρο. Στο τέλος τον πριόνισαν μέσα στο στόμα και, τέλος, τον αποκεφάλισαν.

Μαζί του υπέστησαν μαρτυρικό θάνατο ο διάκονος Νικόλαος, ο προεστός Βασίλειος, η σύζυγός του Μαρία, τα παιδιά του Ειρήνη (12 ετών) και Ραφαήλ (5 ετών), η ανιψιά τους Ελένη, ο δάσκαλος Θεόδωρος, ο γιατρός Αλέξανδρος.

Κατόπιν, απομακρύνθηκαν οι Τούρκοι, αφού παρέδωσαν στη φωτιά το μοναστήρι.

Τα λείψανα των Μαρτύρων ενταφίασε ο υπέργηρος ιερέας της Θερμής, παπα-Σάββας, ο μοναχός Σταύρος και ο επιστάτης της Μονής, Ακίνδυνος.

Μετά τις θαυμαστές αποκαλύψεις για την ζωή και το μαρτύριο του Αγίου Ραφαήλ και των συν αυτώ, αναγνωρίστηκε από το πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως η αγιότητα των νεοφανών αυτών Μαρτύρων.

Αργότερα, χτίσθηκε ναός του Αγίου Ραφαήλ στην ιδιαίτερη πατρίδα του, το Περαχώρι της Ιθάκης, στον οποίο κατατέθηκε τεμάχιο των ιερών λειψάνων του.