Ο ναός ξεκίνησε να χτίζεται το 1923 από πρόσφυγες και ολοκληρώθηκε το 1929. 
Είναι ο μοναδικός σταυροειδής ναός μετά τρούλου στην Ιθάκη. Όλοι οι υπόλοιποι ναοί είναι μονόκλιτες βασιλικές.

Ο Άγιος Ιωακείμ Παπουλάκης κατέχει ιδιαίτερα θέση στις καρδιές των κατοίκων της Ιθάκης.
Τα λείψανα του Αγ. Ιωακείμ έρχονται εδώ κάθε χρόνο στις 23 Μαΐου, με λιτανεία από την Αγία Βαρβάρα και παραμένουν στο ναό μέχρι το τέλος του καλοκαιριού,
προς διευκόλυνση των επισκεπτών του νησιού.