Στις συλλογές του μουσείου περιλαμβάνονται ευρήματα από τα Γεωμετρικά μέχρι και τα Ρωμαϊκά χρόνια από τις ανασκαφές στον Αετό και στις άλλες θέσεις. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει μια κατηγορία αγγείων γεωμετρικής περιόδου τα οποία προέρχονται από τοπικό εργαστήριο γιαυτό και ονομάζονται Ιθακήσια. Εντυπωσιακή είναι και η συλλογή των μικροαντικειμένων. Πρόκειται για μικρογραφίες αντικειμένων που κατατέθηκαν από τους πιστούς στο τέμενος του Απόλλωνα που βρίσκεται στον Πίσω Αετό. Στον ίδιο χώρο βρέθηκαν επίσης πολλά ειδώλια. Μεταξύ των ευρημάτων συμπεριλαμβάνεται και μικρή χάλκινη προτομή του Οδυσσέα. Το Μουσείο διαθέτει σημαντική γεωμετρική συλλογή.

Από τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι:

• Δακτυλιόσχημο αγγείο με γωνιώδη τοιχώματα, διακοσμημένο με πυκνές λεπτές ταινίες στις πλευρές του δακτυλίου, διαγραμμισμένα τρίγωνα στο λαιμό και μετόπες με χιαστί στη λαβή. Τέλος ύστερης γεωμετρικής περιόδου.

• Αναθηματική επιγραφή που αναφέρει την Αθηνά και την Ήρα από το Σπήλαιο της πόλης. Ύστερη αρχαϊκή περίοδος.