Αφετηρία της διαδρομής είναι ο παλιός ναός της Παναγίας, πάνω από το κοιμητήριο, στο πιο ψηλό σημείο του Περαχωριού. Στη στροφή του δρόμου αμέσως μετά τον ναό ξεκινάει το χωμάτινο δρομάκι που οδηγεί στην Παλαιοχώρα, πρωτεύουσα (χώρα) της Ιθάκης κατά τους μεσαιωνικούς χρόνους (γύρω στο 1500). Στην πρώτη διακλάδωση (στην είσοδο ενός αγροκτήματος) παίρνουμε το αριστερό σκέλος (ο δρόμος δεξιά οδηγεί σε ένα ξωκλήσι) και μετά από περπάτημα περίπου 10 λεπτών, σε σχεδόν οριζόντιο χωματόδρομο που θέλει όμως προσοχή στα σημεία που η λιθιά του έχει υποχωρήσει, μάς υποδέχεται ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου με το πέτρινο καμπαναριό και τις θαυμάσιες αγιογραφίες. Βρισκόμαστε στην πρώτη «κόμπα» (ράχη) της Παλαιοχώρας και η θέα προς το Περαχώρι, το Βαθύ, τους γύρω όρμους, και ψηλά προς το Πεταλιάτικο βουνό είναι υπέροχη! 
Συνεχίζοντας το δρομάκι ανάμεσα στα ερειπωμένα σπίτια, έκπληκτοι βλέπουμε μπροστά μας τη θέα του κόλπου των Δεξών. Βρισκόμαστε στη δεύτερη «κόμπα» (ράχη) της Παλαιοχώρας, στο κέντρο της μεσαιωνικής πρωτεύουσας. Πάνω ψηλά βλέπουμε τους ερειπιώνες σπιτιών, προς το Βαθύ ένα πολύ παλιό πέτρινο αλώνι, και πίσω του ένα ερειπωμένο μεγάλο διώροφο κτίσμα, ενδεχομένως διοικητήριο του οικισμού. 
Συνεχίζοντας ελαφρώς κατηφορικά εγκαταλείπουμε την Παλαιοχώρα. Μετά από λίγο βλέπουμε δεξιά του δρόμου μια χαμηλή στάνη και ένα δεύτερο, σχετικά νέο, αλώνι. Ακριβώς μετά το αλώνι στρίβουμε δεξιά και βαδίζουμε στην ομαλής κλίσης κορυφογραμμή προς τα εκκλησάκια του Αγίου Ανδρέα και του Αγίου Νικολάου, και καταλήγουμε στο Σπήλαιο των Νυμφών (Μαρμαροσπηλιά). Μην μπείτε στο Σπήλαιο, γιατί οι τελευταίες εργασίες έχουν κάνει τον χώρο επικίνδυνο! Μετά το Σπήλαιο, ένα πλακόστρωτο δρομάκι μάς οδηγεί στον ασφαλτόδρομο.