Ο Ιερός ναός κοιμήσεως της Θεοτόκου, βρίσκεται στο δρόμο για τηνΠαλαιοχώρα και είναι πιθανό όταν ήταν η πρωτεύουσα της Ιθάκης να ήταν Μητροπολιτικός ναός.

Ο Ναός της Παναγίας στην Ανωγή Ιθάκης, κτισμένος σε υψόμετρο 500μ, είναι ένας από τους μεγαλύτερους, σημαντικότερους και αρχαιότερους ναούς των Βαλκανίων.

Επίπεδο δυσκολίας: εύκολο

Διαδρομή: Περίπου 45'

Ο ιερός ναός του Αγίου Ραφαήλ κτίστηκε τη δεκαετία του 1980 και φυλάσσονται εκεί τα οστά του Αγιού Ραφαήλ.

Πολλές εκκλησίες και ξωκλήσια είναι διάσπαρτα σε όλο το νησί της Ιθάκης.  

Στο νότιο μέρος της Ιθάκης πάνω από τον όρμο Αντρι, σε μια δύσβατη περιοχή βρίσκεται το εκκλησάκι της Παναγίας της Σπηλιώτισσας.

Το εκκλησάκι της Αγίας Παρασκευής στο Περαχώρι είναι χτισμένο ψηλά στο βουνό, πάνω από το χωριό, στο ίδιο ύψος με τον "Αφεντικό Λόγγο" (ένα μάλλον μικρό, αλλά πανέμορφο δάσος βελανιδιών), στην απέναντι πλαγιά.

Στη Ν.Α. πλευρά της Ιθάκης, στο ακρωτήρι Μούντα βρίσκεται το εκκλησάκι του Αϊ-Γιάννη

Το πότε χτίστηκε για πρώτη Φορά δεν είναι γνωστό.

Το 1927 οι Περαχωρίτες Ιωάννης Κασσιανός (Τσάρας), Σπύρος Δρακόπουλος (Τσιμπούκας) και Παναγής Κόμητας αποφάσισαν να ξαναχτίσουν το ερειπωμένο εξωκλήσι.

Πάνω στο μικρό νησάκι Λαζαρέτο στη μέση του λιμανιού της Ιθάκης βρίσκεται το όμορφο εκκλησάκι της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος. Γύρω γύρω είναι φυτεμένα πεύκα.

Το εξωκλήσι του Αγίου Παντελεήμονα βρίσκεται στην περιοχή Φιλιατρό, πιο πάνω από την παραλία με τα πεντακάθαρα νερά.