Άγιος Ραφαήλ
Ο ιερός ναός του Αγίου Ραφαήλ κτίστηκε τη δεκαετία του 1980 και φυλάσσονται εκεί τα οστά του Αγιού Ραφαήλ.
Υπαπαντή του Χριστού
Παναγιά Σπηλιώτισσα
Στο νότιο μέρος της Ιθάκης πάνω από τον όρμο Αντρι, σε μια δύσβατη περιοχή βρίσκεται το εκκλησάκι της Παναγίας της Σπηλιώτισσας.
Αγιά Παρασκευή - Περαχώρι
Το εκκλησάκι της Αγίας Παρασκευής στο Περαχώρι είναι χτισμένο ψηλά στο βουνό, πάνω από το χωριό, στο ίδιο ύψος με τον "Αφεντικό Λόγγο" (ένα μάλλον μικρό, αλλά πανέμορφο δάσος βελανιδιών), στην απέναντι πλαγιά.
Άγιος Ιωάννης - Μούντα
Στη Ν.Α. πλευρά της Ιθάκης, στο ακρωτήρι Μούντα βρίσκεται το εκκλησάκι του Αϊ-Γιάννη
Το πότε χτίστηκε για πρώτη Φορά δεν είναι γνωστό.
Το 1927 οι Περαχωρίτες Ιωάννης Κασσιανός (Τσάρας), Σπύρος Δρακόπουλος (Τσιμπούκας) και Παναγής Κόμητας αποφάσισαν να ξαναχτίσουν το ερειπωμένο εξωκλήσι.
Πόλεις Και Χωριά που χάθηκαν
Περαχώρι - Εκκλησάκι Αγ. Παρασκευής
Στο Περαχώρι, ψηλά στο βουνό πάνω απ’ το χωριό, βρίσκεται το εκκλησάκι της Αγίας Παρασκευής, που γιορτάζει στις 26 Ιουλίου.